Das Institut unterhält vier wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche, Catholica, Orthodoxie, Anglikanismus, Freikirchen und Weltökumene. Externe beratende Mitarbeiter unterstützen das Institut an verschiedenen Stellen. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent*innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.
- Referat Catholica: Martin Bräuer D.D.
- Referat Orthodoxie: Dr. Dagmar Heller
- Referat Anglikanismus und Weltökumene: Dr. Kai Funkschmidt
- Referat Freikirchen: Dr. Lothar Triebel
- Beratende Mitarbeiter für Weltökumene: Dr. Hanne Lamparter und Dominik Koy
- Beratender Mitarbeiter für Freikirchen: Dr. Jonathan Reinert
- Beratende Mitarbeiterin für Orthodoxie: Dr. Maria Gotzen-Dold
- Beratende Mitarbeiter*innen für Anglikanismus: Dr. Christian Koch und Dr. Miriam Haar
- Beratender Mitarbeiter für Pfingst- und charismatische Bewegungen: Dr. Dirk Spornhauer