Das Institut unterhält fünf wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche, Catholica, Orthodoxie, Anglikanismus, Freikirchen und Weltökumene. Ein externer beratender Mitarbeiter unterstützt das Institut hinsichtlich der Pfingst- und der charismatischen Bewegungen. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent*innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.
- Referat Catholica: Martin Bräuer D.D.
- Referat Orthodoxie: Dr. Dagmar Heller
- Referat Anglikanismus und Weltökumene: Dr. Miriam Haar
- Referat Freikirchen: Dr. Lothar Triebel
- Beratende Mitarbeiterin für Weltökumene: Dr. Hanne Lamparter
- Beratender Mitarbeiter für Pfingst- und charismatische Bewegungen: Dr. Dirk Spornhauer