Das Institut unterhält fünf wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche, Catholica, Orthodoxie, Anglikanismus, Freikirchen und Weltökumene. Ein externer beratender Mitarbeiter unterstützt das Institut hinsichtlich der Pfingst- und der charismatischen Bewegungen. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent*innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.