Das Institut unterhält vier wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche, Catholica, Orthodoxie, Anglikanismus, Freikirchen und Weltökumene sowie ein Referat Publizistik. Externe Beratende Mitarbeiter*innen unterstützen das Institut an verschiedenen Stellen. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent*innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.
- Referat Catholica: (ab 1.5.2026: Dr. Mario Fischer)
- Referat Orthodoxie: (ab 1.9.2026: Dr. Wolfram Langpape)
- Referat Anglikanismus und Weltökumene: Dr. Kai Funkschmidt
- Referat Freikirchen: Dr. Lothar Triebel
- Referat Publizistik: Dr. Martin Schuck
- Korresponierendes Mitglied des Kollegiums für Catholica: Dr. Maria Stettner
- Beratende Mitarbeiter für Catholica: Martin Bräuer D.D. und Dr. Daniel Lenski
- Beratende Mitarbeiterin für Orthodoxie: Dr. Maria Gotzen-Dold
- Beratende Mitarbeiter*innen für Anglikanismus: Dr. Miriam Haar und Dr. Christian Koch
- Beratender Mitarbeiter für Freikirchen: Prof. Dr. Jonathan Reinert
- Beratender Mitarbeiter für Pfingst- und charismatische Bewegungen: Dr. Dirk Spornhauer
- Beratende Mitarbeiter*innen für Weltökumene: Dr. Hanne Lamparter und Dominik Koy