Das Institut unterhält fünf wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche, Catholica, Orthodoxie, Anglikanismus, Freikirchen, Weltökumene sowie Publizistik und konfessionsübergreifende Fragen. Externe beratende Mitarbeiter unterstützen das Institut an verschiedenen Stellen. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent*innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.
- Referat Catholica: Martin Bräuer D.D.
- Referat Orthodoxie: Dr. Dagmar Heller
- Referat Anglikanismus und Weltökumene: Dr. Kai Funkschmidt und Dr. Jonathan Reinert
- Referat Freikirchen: Dr. Lothar Triebel
- Referat Publizistik und konfessionsübergreifende Fragen: Dominik Koy
- Beratende Mitarbeiterin für Weltökumene: Dr. Hanne Lamparter
- Beratender Mitarbeiter für Pfingst- und charismatische Bewegungen: Dr. Dirk Spornhauer